เรื่องราวของเด็กหนุ่มชื่อว่า สึคุโมะ ยูมะ เขามีความมุ่งมั่นที่จะเป็นดูเอลลิสต์ให้ได้ แต่ด้วยความบ้าบิ่นในตัวเขา จึงมักจะสร้างเรื่องวุ่นวายให้กับทางโรงเรียนเสมอๆ แต่แล้วเหตุการณ์ที่ไม่คาดคิดก็เกิดขึ้นเมื่อ เรียวมะเพื่อนในโรงเรียนมาท้าให้ยูมะสู้ตัวต่อตัวกับเขาระหว่างการต่อสู้นั้นเอง วิญญาณลึกลับที่เรียกตนเองว่าแอสทรัลได้ปรากฏตัวขึ้นและช่วยให้เขาชนะ แอสทรัลได้อธิบายให้ยูมะฟังว่าเขากำลังค้นหาความทรงจำที่หายไปของเขาซึ่งได้เปลี่ยนเป็นการ์ดมอนสเตอร์ทั้ง 99 ใบ ซึ่งกระจายไปทั่วโลก ด้วยเหตุนี้เองยูมะจึงช่วยเหลือเขาในการตามหาการ์ดเหล่านั้นและแถมยังเป็นการเพิ่มพูนประสบการณ์ในการดูเอลให้กับตัวเขาด้วย การเดินทางจึงเริ่มต้น